El único municipio de la comarca del que sabe la fecha exacta de fundación
Varias teorías, de escritores y de municipios donde se le venera, sitúan el nacimiento de San Millán de la Cogolla en la zona, en el pueblo esta la casa de San Millán, antiguo hospital.
Torrelapaja fue fundado como concejo en el año 1601, hasta esa fecha era un lugar dependiente de Berdejo. Probablemente, antes de este hecho, los solares sobre los que se alzan los edificios fueran las eras de Berdejo, que poco fueron pasaron a ocuparse durante todo el año y posteriormente reclamar la independencia.
El pueblo esta situado al pie de la Bigornia, es el primer pueblo aragonés que atraviesa el río Manubles y donde comienza el bonito valle que forma camino a su desembocadura en el río Jalón a la altura de Ateca.
Las eras del municipio se reparten en tres espacios: Las Eras del Palacio, las del Concejo y las del Escorial.
La iglesia de Nuestra Señora de Malanca, construida en estilo gótico sufrió en los últimos años un ataque de termitas, pero una oportuna restauración la salvo. En el altar mayor se guardan la reliquias de San Millán. Adosada a ella se encuentra la capilla de la Virgen de Malanca, del siglo XVIII.
El campanario de la iglesia, es una torre-fortaleza rematada por almenas. Al igual que otros muchos edificios religiosos de la zona, también tenia usos militares, por su carácter fronterizo.
La casa siempre ha sido el emblema tanto de Berdejo como de Torrelapaja.
San Millán, según dejo escrito San Braulio, nació en Berdejo, marchando mas tarde a La Rioja, donde se conoció como San Millán de la Cogolla, aunque otros escritores sostienen que el lugar de nacimiento del santo fue Berceo. Incluso algún pueblo de Soria, donde rinden culto al santo sostienen el nacimiento aragonés de este.